Η χρονιότητα ενδείκνυται όταν ο πόνος επιμένει για εβδομάδες και μήνες. Δεδομένου ότι οι ασθενείς δεν βρίσκουν ανάπαυση, ειδικά τη νύχτα, σύντομα εμφανίζονται ψυχολογικά συμπτώματα. Ο πόνος αλλάζει χαρακτήρα και γίνεται σταθερός. Αρχικά, ο εντοπισμένος πόνος στο πίσω μέρος του κεφαλιού και μεταξύ των ωμοπλάτων εξελίσσεται σε διάχυτο πόνο που εκτείνεται σε ολόκληρη την περιοχή του ώμου και του αυχένα. Η συνεχής τάση του τραπεζοειδούς, του ανελκτήρα της ωμοπλάτης και των ρομβοειδών μυών οδηγεί σε ενθετικές τενοντοπάθειες στο ινιακό οστό, στο άνω χείλος της ωμοπλάτης και στην ακρωμιοκλειδική άρθρωση. Επειδή ο ώμος εμπλέκεται δευτερευόντως στη διαδικασία μέσω των μυών του εγγύς άκρου, ο πόνος αναπτύσσεται και εδώ ως μέρος της διαδικασίας χρονιότητας, η οποία μπορεί ενδεχομένως να γίνει αυτοδιαιωνιζόμενη.
Η αυτόνομη απόκριση προκαλείται κυρίως από τον αυχενικό συμπαθητικό κορμό, ο οποίος ερεθίζεται στην μη σπονδυλική περιοχή. Αυτή η αυτόνομη απόκριση εκδηλώνεται ως τοπική παραισθησία, κυκλοφορικές διαταραχές και αισθήσεις θερμότητας ή κρύου.
Εάν ο πόνος του αυχενικού συνδρόμου επιμένει για εβδομάδες και μήνες, τα κλινικά συμπτώματα και οι συνοδευτικές ψυχολογικές επιπτώσεις αλλάζουν. Τα τελευταία γίνονται πιο έντονα και απαιτούν θεραπεία προτεραιότητας. Η κύρια εστίαση της θεραπείας είναι οι εφαρμογές θερμότητας, οι ασκήσεις εύρους κίνησης και οι τοπικές ενέσεις στις πηγές του πόνου. Η χρήση αναλγητικών πρέπει να προσεγγίζεται με προσοχή σε περιπτώσεις χρόνιου πόνου.
Στο χρόνιο αυχενικό σύνδρομο, ο πρωταρχικός στόχος είναι να σπάσει ο φαύλος κύκλος πόνου-μυϊκής έντασης-ανωμαλίας στάσης-πόνου αντιμετωπίζοντας τη μυϊκή πτυχή. Κατάλληλες θεραπείες περιλαμβάνουν μασάζ, ηλεκτροθεραπεία, ενέσεις τοπικού αναισθητικού στον μυ και γενικά μέτρα μυοχαλάρωσης. Αυτό περιλαμβάνει κυρίως προοδευτική μυϊκή χαλάρωση σύμφωνα με τον Jacobson (1938). Η αρχικά ευεργετική αύξηση του μυϊκού τόνου έχει γίνει αυτοδιαιωνιζόμενη κατά τη διάρκεια ενός χρόνιου-υποτροπιάζοντος αυχενικού συνδρόμου και με τη σειρά της προκαλεί πόνο μέσω επίμονης μυϊκής τάσης και τενοντινοπαθειών εισαγωγής.